Jaguar (Panthera onca): se encuentra desde el Magdalena Medio, hasta el Chocó, la Amazonía y la Orinoquía. En zonas de bosques húmedos tropicales, en bosques de tierras bajas, en zonas cálidas propicias para el cultivo de coca. Precisamente ésta es su principal amenaza: los cultivos ilícitos y la deforestación y la degradación de los suelos que éstos acarrean. Este animal es el depredador tope de la cadena alimenticia y requiere grandes extensiones para moverse. La degradación de su hábitat los ha empezado a aislar en segmentos reducidos de bosque y al salir de allí, en busca de alimentación, entran en conflicto con los campesinos que los ven como una amenaza para sus cultivos y ganado.

Danta (Tapirus sp): al igual que el jaguar, requiere grandes extensiones para su desplazamiento. Habita las zonas bajas de la Amazonía, la Orinoquía, el Magdalena Medio, el Caribe, y el Pacífico.  La deforestación, la fragmentación de su hábitat y la degradación de los suelos por cultivos ilícitos y minería, principalmente, están aislando a este animal, que es además víctima de caza por parte de los mineros. La mayoría de dantas que aún superviven en el país, están en Parques Nacionales.

Paujil: esta especie de ave, incapaz de volar largas distancias, es una víctima directa de la deforestación. Vive en bosques de niebla y en zonas templadas.  Existen tres tipos de paujil especialmente afectados por este fenómeno: el copete de piedra (Pauxi pauxi), que se encuentra en el Magdalena Medio; el pavón chocoano (Crax rubra) y el paujil pico azul (Crax alberti), especie endémica de Colombia. Se estima que éste último ha perdido cerca del 88 por ciento de su hábitat original por la ganadería, por la construcción de vías y por cultivos ilícitos.

Mono araña o Choibo (Ateles hybridus): la deforestación tiene en un alto peligro a este primate que ha perdido el 98 por ciento de su hábitat. Se encuentra principalmente en las zonas del Magdalena Medio, donde los cultivos de coca y de palma de aceite han degradado y fragmentado gravemente la cobertura boscosa, aislando a estos monos en pequeñas islas y dejándolos expuestos a especies invasoras. Su seguridad alimentaria, que está basada principalmente en frutos, está también en peligro por la deforestación.

Churuco (Lagothrix lugens): este primate, al parecer único en Colombia, es considerado una especie en peligro crítico de extinción cuya población, según la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza, sufrirá un declive del 80% en los próximos 45 años. Sus mayores amenazas son la caza y la fragmentación de su hábitat, esta última ocasionada por las plantaciones de coca y por la defoliación de los bosques que causa fumigar estos cultivos. Es común verlo en cuatro Parques Nacionales Naturales que históricamente han tenido presencia de actores armados: La Macarena, Tinigua, la Cordillera de los Picachos y la Cueva de los Guácharos.